Образование отдельных Чешской и Словацкой республик сделало гораздо более рельефными неустойчивые взаимоотношения между словаками и 600 000 венгров, живущими вдоль южных границ Словакии и составляющими одиннадцать процентов от всего населения страны. Как и многие другие национальные споры в Центральной Европе, это застарелый конфликт, который дремал во времена коммунистов, но сейчас вновь разгорелся с еще большей силой. Почти тысячу лет Словакия — тогда известная как «Верхние земли» — была неотъемлемой частью Венгрии, где словаки занимались в основном земледелием, а немцы и венгры составляли правящий класс. Словацкая культура и язык жестоко подавлялись вплоть до 1918 года, когда была создана Первая республика.
После установления границ нового чехословацкого государства 750 000 венгров остались на словацком берегу Дуная. Как и немцы, веками жившие в приграничных районах Чехии, словацкие венгры в межвоенный период так и не ассимилировались с коренным населением и были только рады объединению с фашистской Венгрией во время Второй мировой войны. Тогда большая часть венгроязычных регионов Словакии была передана Венгрии, а сама Словакия впервые в истории этого народа стала на некоторое время независимым, хотя и фашистским государством. В отличие от этнических немцев, предпринятая Бенешем в 1945 году попытка выдворить венгров из страны была успешно блокирована Будапештом. Несмотря на это, венгров довольно грубо заставили принять словацкую культуру, а многих насильственно переселили в другие регионы Чехословакии, например в Северную Богемию.
В 1989 году принудительная дружба, многие годы скреплявшая коммунистические страны, неожиданно порвалась из-за разногласий по поводу Gabcikovo-Nagymaros плотины. Случившийся после Бархатной революции подъем национального самосознания словаков, естественно, обеспокоил венгерское национальное меньшинство, к которому и так постоянно приставали все более и более впадающие в шовинизм политики, мечтающие заработать дешевый политический капитал у себя дома. Со своей стороны, бывший словацкий премьер Владимир Мечьяр мало что сделал для того, чтобы успокоить венгерскую общину. Он отклонил поддерживаемый Евросоюзом закон о национальных меньшинствах, запретил публичное использование иностранных языков и даже предложил изгнать венгров из страны. К счастью, избрание в 1999 году президентом Рудольфа Шустера — этнического венгра из Кошице и сторонника правления «для всех граждан» — в сочетании с проевропейским многопартийным правительством премьер-министра Дзуринда подготовило почву для плодотворного общения и в . значительной степени разрядило ситуацию. Сейчас, когда оба государства благополучно влились в большую европейскую семью, национальные конфликты должны (по крайней мере, теоретически) в скором времени отступить на задний план.